La Mission Ecoter se compose de deux collèges fondateurs : un Collège Entreprises et un Collège Collectivités territoriales, présidés par les collectivités et administrés par un Conseil d'Administration commun.

Le Collège fondateur Entreprises doit représenter en permanence les métiers composant le secteur des TIC en termes d’infrastructures réseaux et télécoms, d’usages et de services.